MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Rahnella aquatilis HX2 plasmid PRA2

Total Repeats: 103

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017807	CCG	2	6	1	6	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_017807	CGC	2	6	41	46	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
3	NC_017807	CCG	2	6	135	140	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
4	NC_017807	GCG	2	6	173	178	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_017807	CGT	2	6	197	202	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_017807	GA	3	6	237	242	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017807	GCG	2	6	657	662	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_017807	CAT	2	6	710	715	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_017807	ATA	2	6	1966	1971	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017807	AT	3	6	1978	1983	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017807	TCCC	2	8	1987	1994	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
12	NC_017807	GCG	2	6	2616	2621	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_017807	TCA	2	6	2713	2718	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_017807	TAAA	2	8	2725	2732	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017807	AC	3	6	2772	2777	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
16	NC_017807	GTTTT	2	10	2812	2821	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017807	GT	3	6	2878	2883	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017807	GT	3	6	2914	2919	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017807	TG	3	6	2936	2941	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017807	GT	3	6	2983	2988	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017807	ATC	2	6	3014	3019	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_017807	TG	3	6	3024	3029	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017807	AC	3	6	3043	3048	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
24	NC_017807	AC	3	6	3076	3081	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
25	NC_017807	CA	4	8	3108	3115	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
26	NC_017807	AC	3	6	3142	3147	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
27	NC_017807	CCAAA	2	10	3148	3157	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
28	NC_017807	AC	4	8	3189	3196	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
29	NC_017807	AAT	2	6	3210	3215	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017807	CCA	2	6	3218	3223	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
31	NC_017807	AC	3	6	3316	3321	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
32	NC_017807	GCTG	2	8	3735	3742	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
33	NC_017807	CTA	2	6	4426	4431	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_017807	A	6	6	4464	4469	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017807	T	13	13	4488	4500	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017807	GGCG	2	8	4517	4524	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
37	NC_017807	ACGC	2	8	4537	4544	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
38	NC_017807	GAAG	2	8	5355	5362	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017807	C	6	6	9936	9941	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
40	NC_017807	ACTGC	2	10	9942	9951	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
41	NC_017807	T	6	6	9966	9971	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017807	GGC	2	6	9983	9988	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_017807	CGC	2	6	9991	9996	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
44	NC_017807	A	6	6	10673	10678	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017807	CTT	2	6	20173	20178	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_017807	C	6	6	21323	21328	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
47	NC_017807	TAG	2	6	21331	21336	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017807	GCC	2	6	21358	21363	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
49	NC_017807	CGT	2	6	21377	21382	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_017807	GAA	2	6	21396	21401	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017807	A	6	6	21400	21405	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017807	TGCC	2	8	27190	27197	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
53	NC_017807	T	6	6	27202	27207	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017807	TAT	2	6	27967	27972	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017807	TGT	2	6	27976	27981	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017807	CTT	2	6	28554	28559	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_017807	GGC	2	6	28588	28593	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_017807	CTT	2	6	37039	37044	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_017807	GA	3	6	37046	37051	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017807	GTT	2	6	38673	38678	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017807	CTC	2	6	38721	38726	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
62	NC_017807	CT	3	6	39825	39830	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
63	NC_017807	T	6	6	39875	39880	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017807	AAT	2	6	39991	39996	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017807	AAAG	2	8	40109	40116	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017807	AAC	2	6	40190	40195	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_017807	CAT	2	6	40198	40203	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_017807	AGA	2	6	40217	40222	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017807	ACA	2	6	40269	40274	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_017807	A	6	6	40278	40283	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017807	C	6	6	40323	40328	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
72	NC_017807	GCC	2	6	40345	40350	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
73	NC_017807	TGT	2	6	40396	40401	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017807	GGC	2	6	40601	40606	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_017807	CAT	2	6	40639	40644	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_017807	C	6	6	40771	40776	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
77	NC_017807	AC	3	6	40795	40800	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
78	NC_017807	ATA	2	6	40830	40835	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017807	GATTT	2	10	40839	40848	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017807	AATT	2	8	41291	41298	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017807	G	6	6	41314	41319	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017807	CTGG	2	8	41498	41505	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
83	NC_017807	CAG	2	6	41525	41530	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_017807	TGG	2	6	41531	41536	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017807	AAT	2	6	41544	41549	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017807	CGTCAG	2	12	44105	44116	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_017807	TCCC	2	8	44129	44136	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
88	NC_017807	TG	3	6	44156	44161	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017807	T	6	6	44221	44226	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017807	CCTT	2	8	44254	44261	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
91	NC_017807	CAT	2	6	44472	44477	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_017807	TG	3	6	44502	44507	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017807	AATT	2	8	44583	44590	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017807	GTT	2	6	44700	44705	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017807	TAT	2	6	44763	44768	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017807	ATA	2	6	44922	44927	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017807	TTAAA	2	10	45712	45721	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017807	CCT	2	6	45795	45800	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
99	NC_017807	TAA	2	6	45811	45816	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017807	A	7	7	46426	46432	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017807	AAT	2	6	46495	46500	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017807	TG	3	6	46593	46598	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017807	GGT	2	6	47892	47897	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.